A história da Justiça e do Ministério Público de Santa Catarina remonta ao século XVIII. Em 1724, instalou-se a Ouvidoria de Paranaguá, com jurisdição sobre todo o sul da colônia portuguesa nas Américas. Foi o início da organização judiciária no hoje Estado de Santa Catarina. Em 1738, foi criada a Capitania da Ilha de Santa Catarina. Em 1749, criou-se a Ouvidoria de Santa Catarina, que garantiu autonomia à Comarca. Em 1752, a Comarca passou a ser jurisdicionada pelo recém-instalado Tribunal da Relação do Rio de Janeiro.

O primeiro Juiz de Fora, assim chamado por ser nomeado pelo Rei e não eleito pelas Câmaras Municipais, chegou ao Desterro, hoje Florianópolis, em 1812. Nesse mesmo ano, a Ouvidoria de Santa Catarina foi extinta e absorvida pela a de Porto Alegre, elevada à condição de cabeça da Comarca de São Pedro do Rio Grande e Santa Catarina. A Comarca foi novamente subdividida em 1821, quando Santa Catarina ganhou o seu primeiro Promotor. No ano seguinte, com a independência do Brasil, foi eleito o primeiro Procurador-Geral da Província de Santa Catarina.

Em 1833, a Comarca da Ilha de Santa Catarina foi dividida em duas. Em 1856, já eram quatro Comarcas: Capital, São José, Laguna e São Francisco. Em 1858, foi criada a Comarca de Lages e, em 1868, a de Itajaí. Em 1873, criou-se a Comarca de Tijucas. Em 1874, a Província de Santa Catarina passou a ser jurisdicionada pelo Tribunal da Relação de Porto Alegre, instalado naquele ano, junto ao qual funcionava um Procurador. Era, então, o segundo grau, ou a instância de apelação para os processos iniciados em Santa Catarina. Quando a República foi proclamada, em novembro de 1889, existiam 11 Comarcas em Santa Catarina, sendo que a de Blumenau ainda não havia sido instalada.

Em face da nova organização política, em 24 de setembro de 1891, foi criado o Superior Tribunal de Justiça de Santa Catarina, ganhando, dessa forma, o jovem Estado independência jurídica ao Rio Grande do Sul. A Constituição Estadual de 11 de junho de 1891 previu a existência de um Promotor e um Adjunto para cada Comarca, sendo todos demissíveis ad nutum e desprovidos de garantias de inamovibilidade. Não se exigia dos Adjuntos diploma de bacharel em Direito. Um dos cinco Desembargadores era nomeado Procurador da Soberania do Estado, seguindo o modelo existente durante o Império, que se tornou o Chefe do Ministério Público. Em 1892, o Tribunal passou a se chamar Relação da Justiça e, em 1934, seria a Corte de Apelação, batizada como Tribunal de Apelação em 1937 e, finalmente, em 1946, como Tribunal de Justiça.

Por força da Revolução Federalista, guerra civil que marcou o início da República no Brasil, Santa Catarina sediou um governo paralelo e revolucionário entre 4 de outubro de 1893 e 16 de abril de 1894, quando o Tribunal foi dissolvido e novamente organizado. Pela Constituição Estadual de 1895, a composição do Tribunal foi elevada para seis Desembargadores e pela primeira vez se empregou a designação Procurador-Geral do Estado, mantida até 1982.

Os Membros do Ministério Público eram explicitamente considerados auxiliares das autoridades judiciárias. Em 1928, um Código de Organização Judiciária regulou o funcionamento da Instituição, confirmando, em linhas gerais, essas diretrizes. Quando a Revolução de 1930 chegou a Santa Catarina, existiam ao todo no Estado 25 Comarcas, sendo razoável estimar que estivessem funcionando, então, cerca de 20 Promotores.

Até a organização da Procuradoria-Geral do Estado, em 1982, como órgão independente, o Ministério Público de Santa Catarina acumulou as atribuições de defesa da sociedade e do Estado. A designação Procuradoria-Geral de Justiça surgiu apenas a partir dessa data. Além da representação da Fazenda Pública, nas Comarcas do interior o Ministério Público também representava a União.

A partir de 1934, o Procurador-Geral do Estado passou a ser cargo comissionado de livre escolha do Governador do Estado, ainda demissível ad nutum, mas agora com assento junto aos Secretários de Governo. A Lei Orgânica de 1971 estabeleceu a exigência de que o cargo fosse preenchido por membro da carreira, organizada efetivamente em 1946. Até 1961, quando se realizou o primeiro concurso público de ingresso na carreira, o Governo nomeou para o cargo pessoas estranhas à Instituição. O primeiro Procurador-Geral nomeado pelo Governador com base em lista tríplice eleita pela classe tomou posse no cargo em 1991. Não havia autonomia administrativa, tampouco financeira, e os vencimentos dos Membros eram inferiores aos da Magistratura, cabendo equiparação apenas para o Procurador-Geral do Estado.

A primeira Lei Orgânica do Ministério Público de Santa Catarina data de 1952. A Associação de classe foi organizada em 1959. O Conselho Superior foi instituído pela Lei Orgânica de 1961. A Corregedoria-Geral foi instalada em 29 de janeiro de 1972, por força da Lei Orgânica de 1971. Também foi essa Lei que estabeleceu a vedação ao exercício da advocacia privada, até então corrente entre os Membros como forma de complementar os baixos salários auferidos pela categoria. Os Promotores também tinham direito às custas pelos atos praticados, bem como direito às percentagens estabelecidas em lei sobre quantias recolhidas em Cartório na representação da Fazenda Pública. O Colégio de Procuradores foi criado em 1982. A Escola Superior do Ministério Público foi instalada em 1988.

A Lei Orgânica de 1961 substituiu o cargo de Subprocurador pelo o de Procurador - três, ao todo, além de um Promotor convocado. A Lei Orgânica de 1971 aumentou o número de Procuradores de três para sete. Extinguiu-se aí a figura do Promotor Adjunto, leigos nomeados pelo Governo para substituir os Promotores nas Comarcas, criando o Promotor Substituto e consolidando o primeiro estágio da carreira. Em 1965, atuavam 37 Promotores em Santa Catarina. Dez anos mais tarde, já eram 110. Em 1956, apenas três os servidores atendiam a Instituição. Em 1965, eram sete. O primeiro concurso para servidores foi realizado em 1990.

Em 1989, o orçamento do Ministério Público catarinense saltou para 0,7% da receita líquida do Estado e a Instituição assumiu o controle da folha dos inativos. Em 1993, essa participação alcançava 1,6% e em 1995 chegou-se a 2%. No ano 2000, saltou-se para 2,5% da receita líquida, quando o número de Procuradores alçava-se a 33 e o de Promotores a 243. Nessa época, eram 187 os servidores efetivos, além dos comissionados, totalizando 210. Atualmente, empregam-se no Ministério Público quase 800 servidores, entre efetivos e comissionados. Membros já são 370, sendo 43 Procuradores e 327 Promotores.