A partir do Inquérito Civil Público n. 3, de 9 de setembro de 2004, instaurado em âmbito estadual pelo Procurador-Geral de Justiça, o Ministério Público passou a apurar os fatos e as responsabilidades relativas ao controle e à fiscalização da qualidade da água para consumo humano distribuída no Estado. Concluída a instrução e constatada a existência de situações críticas em alguns municípios, procedeu-se ao desmembramento daquele inquérito civil, com a posterior remessa das informações e documentos correspondentes a cada um dos municípios investigados às Promotorias de Justiça das respectivas comarcas a fim de dar continuidade, se fosse o caso, às investigações que se fizessem necessárias e adotar as providências cabíveis.
A partir de 2012, foi dado início ao processo de revisão dessa proposta operacional, passando-se a subsidiar tecnicamente as Promotorias de Justiça para efeito de instrução dos inquéritos civis e a orientá-las quando ao encaminhamento de soluções para os problemas pontualmente identificados, inclusive mediante gestões na esfera administrativa. Fixadas as premissas de que a qualidade da água deve ser assegurada tanto pelas Secretarias Municipais de Saúde (Vigilâncias Sanitárias) como pelos responsáveis pela operação do sistema (principalmente as Concessionárias), compete ao Ministério Público, na defesa do consumidor, apurar se cada qual está exercendo adequadamente suas obrigações, especificamente no que tange à observância dos arts. 12 e 13 do anexo XX da Portaria de Consolidação GM/MS n. 5 de 28 de setembro de 2017, uma vez que é neles que se encontram relacionados os principais deveres das Secretarias de Saúde dos Municípios e do Distrito Federal (vigilância) e dos Operadores dos Sistemas ou Soluções Alternativas Coletivas (controle), respectivamente.
Objetivando auxiliar a instrução dos inquéritos civis e procedimentos preparatórios, o CCO tem realizado a análise dos relatórios e/ou laudos da qualidade da água apresentados pelas Vigilâncias Sanitárias Municipais e pelos Operadores dos Sistemas ou Soluções Alternativas Coletivas, bem como encaminhado diversos materiais com orientações jurídicas acerca do tema.